イエス･キリストの生き方に触れ、その愛の生き方を学びます。また、聖人たちのプロフィールを紹介しながら、キリスト教的な価値を体得します。そして、創立者の精神に触れ、神に心を開き、心から祈り、喜び、感謝、信頼の心を育てます。中学１年生では特にイエス・キリストの生涯を体系的に学びます。中学２年生で、イエス・キリストの教えの中心である隣人愛を学び、その実践であるボランティア活動を各自で体験し、精神を学んでいきます。また中学３年生では、旧約聖書を通して、神との出会いを体験します。

真のコミュニケーション能力を養うことを目標しています。友達紹介や夏休みの日記の作品作りなどを通して、「相手に伝える・自分のことを表現する」ことを意識させるような機会を設けています。 「聞く・話す・読む・書く」の４技能をバランスよく伸ばす指導を行っています。また中学1年生から習熟度別クラス編成を行い、生徒一人一人のレベルにあった授業を展開しています。外国人教師による英会話の授業もあり、渡り廊下では元気で明るい挨拶が飛び交っています。

言語を正しく理解し、適切に表現する能力を育みます。中2の国文法はクラスを2分割して少人数制の授業を行っています。中3からは古典文法の授業を開設。また漢検の導入、読書感想文コンクール、星美百人一首の作成、また俳句・短歌に力を入れており、外部の作品募集にも積極的に応募、高い成果を上げています。

グループ活動などをとりいれ自学自習の態度を養います。中学2年では総合的学習の一環として「北区オリエンテーリング」の企画・実施を行い、中2末の奈良・京都への修学旅行での実践を通して、自ら取り組み、学ぶ姿勢を養っています。

中学1、2、3年では習熟度別クラス編成により効果的な授業を行っています。中学校では一貫教育用の教科書を使用し、教科書、問題集、プリントを使って学力の定着を図ります。また文科省で削減された内容も扱い、中3の中頃から高校1年の内容に入ります。

自然の溢れる学園環境を生かし、星美の森でのフィールドワークや化学・物理の実験も豊富に取り入れた授業を展開し、体験を通じて学び、考察する力を深めていきます。中学1年の夏には軽井沢でツキノワグマの研究と野鳥探索を実施し、その中で生まれた興味や好奇心を大切にして、生命の尊厳や地球上のすべての生物と共存するための具体的な方策を模索し環境への意識を高めます。本校独自の一貫カリキュラムを柱として、中学３年では高校の先取り学習を行っています。